Ban QLCDA được thành lập theo Quyết định số 2969/QĐ-BGDĐT ngày 24/8/2016 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo (GDĐT). Ban QLCDA có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng Thương mại để hoạt động theo quy định của pháp luật.
Ban QLCDA được Bộ GDĐT giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính theo Quyết định số 2066/QĐ-BGDĐT ngày 22/6/2021, trong đó, Ban QLCDA được phân loại là đơn vị sự nghiệp công lập tự đảm bảo chi phí hoạt động thường xuyên giai đoạn 2021-2023.
Quy chế tổ chức và hoạt động của Ban QLCDA được ban hành kèm theo Quyết định số 5688/QĐ-BGDĐT ngày 29/11/2016 của Bộ trưởng Bộ GDĐT, trong đó, nêu rõ vị trí pháp lý, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Ban QLCDA;
Ban QLCDA có bộ máy bao gồm 5 phòng chức năng: Phòng Tổ chức – Hành chính, Phòng Kế hoạch – Tài chính, Phòng Phát triển dự án, Phòng Quản lý dự án và Phòng Kỹ thuật – Thẩm định. Hiện nay, chức năng, nhiệm vụ của các phòng chức năng thuộc Ban QLCDA được ban hành kèm theo Quyết định số 1229/QĐ-QLCDA ngày 29/11/2021 của Giám đốc Ban QLCDA;
Các tổ chức Chi bộ, Công đoàn, Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh tại Ban QLCDA được thành lập và tổ chức hoạt động theo các quy định hiện hành.
Ban QLCDA được cấp Chứng chỉ năng lực hoạt động xây dựng Hạng I số: BXD – 00004158 ngày 22/9/2017 của Cục Quản lý hoạt động Xây dựng, Bộ Xây dựng (được gia hạn đến hết ngày 09/8/2032 theo quy định của Bộ Xây dựng).
